2. září 2015 vydala Česká národní banka pamětní stříbrnou dvousetkorunu k 200. výročí narození Jana Pernera.
Na lícní straně mince je motiv parní lokomotivy, nad kterou je nákres vlakové trati mezi Prahou a Olomoucí, kterou projektoval Jan Perner. Při horním okraji dvousetkoruny je text "SEVERNÍ STÁTNÍ DRÁHA" v rámečku. Při spodním okraji dvousetkoruny je název státu "ČESKÁ REPUBLIKA". Označení nominální hodnoty mince se zkratkou peněžní jednotky "200 Kč" je nad názvem státu. Značka České mincovny tvořená kompozicí písmen "Č" a "M" je při pravém horním okraji dvousetkoruny za slovem "DRÁHA". Na rubové straně dvousetkoruny je portrét Jana Pernera. Při levém okraji dvousetkoruny je text "JAN PERNER" a při pravém okraji jsou letopočty "1815" a "2015". Texty i letopočty jsou na začátku a na konci ohraničeny tečkou. Nad límcem u portrétu jsou iniciály autora dvousetkoruny akademického sochaře Zbyňka Fojtů, které jsou tvořeny spojenými písmeny "FZ".